再高效的仪器也有局限性，实验室中深受学者、科学家青睐的高效液相色谱仪有非常大的局限性。这就是仪器的缺点所在，有些操作可以弥补这些缺点，如用其它更合适的仪器替代它。原子吸收光谱仪也有局限性，这也 是光谱仪出现了很多方向的分支的主要原因，没有哪台光谱仪可以检测所有自然界中出现的物质，它们只有自己擅长的领域，人们在实验之前要先了解仪器的性能，再考虑如何开展实验。
高效液相色谱仪以其高分辨率、高灵敏度享誉分析仪器领域，但是它不是万能的。在使用HPLC会遇到很多难以避免的问题，大量溶剂使用容易对环境造成污染，实验垃圾的处理成为色谱分析实验结束后非常重要的工作。还有它的操作过程需要对流动相就行精确配比，否则会直接影响分离效果，对于未知的实验可能需要逐个梯度的尝试，实验起来工作量大于气相色谱仪，当样品中组分十分复杂的时候，它可能无法精确检测各组分的性质，还需要用到其它辅助仪器。在这些会展现仪器局限性的实验中可以适当用其他类型的仪器替代它进行色谱检测，其它方面，HPLC会展现超强的实力与性能。
原子吸收光谱仪可以在同一实验中对几十种元素进行检测，其效率之高非常适用于复杂环境的检测方面。即便这样，它也有局限性。AAS检测元素的原理是通过检测通过经原子化处理的样品的光值计算出各元素的吸光值，进而确定元素的性质。但当物质难熔的时候这项操作就难以实现，结果也就不尽如人意，还有一些元素无法通过它来测定，主要原因是吸光特性表现的区域超过紫外区域。不过在其它时候使用AAS检测金属元素还是挺高效的。