十三世纪初，蒙古人在传奇成吉思汗的带领下异军突起，了整个北方地区。在当时蒙古人的思维模式中，至高无上的由“长生天”（草原游牧民族的主神）授予人的一位首领，成吉思汗就是大家所的那位天选之人，所以他的军事行动在“长生天”的庇佑下将会永远取得成功。当时蒙古人这种比较原始的教是萨满教中的一种表现形式。
到了蒙古帝国第四位大汗蒙哥执政时期，佛教开始传入蒙古。蒙哥死后，他的弟弟忽必烈自立为汗，并拜藏传佛教高僧八思巴为国师。直到这时，佛教才在蒙古目中占有一席之地。不过对于大部分普通蒙古来说，他们还是更加萨满教，佛教虽然得到了少数蒙古贵族的支持，但并没有获得普及。
到了十六世纪中期，当年盛极一时的蒙古帝国早已不复存在，取而代之的是四分五裂的蒙古各部落。这些部落之间相互攻伐，不断，虽然蒙古人以骁勇善战闻名于世，但谁也无决这种一盘散沙的状况。
1542年，一位名叫包·阿勒坦的年轻蒙古贵族成为了蒙古右翼土默特万户的首领，他就是历史上大名鼎鼎的俺答汗（别称“阿拉坦汗”）。
俺答汗是成吉思汗的十七世孙，苗红根正的“黄金家族”。他生平最大的梦想就是重新统一蒙古各部，重现昔日蒙古帝国的辉煌。不过在他初期，他面临的最大问题却是部族内各种商品都严重短缺的现实。为了解决这个问题，俺答汗请求与明朝开通互市贸易。当他的请求被明朝后，俺答汗就不断率军袭扰明朝边境，令大明王朝头疼不已。持续的边境拉锯战耗费了明朝的大笔国防开支，也令蒙古人小米的乱情人生感到疲惫不堪。1571年，在双方的下，一项边境市场的协议终于达成，史称“隆庆和议”。
在完成了经济上的目标后，俺答汗开始着手计划统一蒙古各部。不过当时蒙古各部之间的军事实力相差并不悬殊，所以想靠武力来实现统一目标显然不现实。因此，俺答汗便想到借助教的力量来实现统一意识形态，进而完成统一蒙古的大业。蒙古人普遍的萨满教太过原始，没有组织，缺乏丰富多彩的文化形式。所以俺答汗就寻求佛教的帮助，因为佛教礼仪盛大、组织复杂，中的经典又能起到的目的，非常有利于和凝聚。
1578年，俺答汗在青海会见了藏传佛教中的黄教格鲁派，并当场皈依佛教。在以俺答汗为首的蒙古贵族阶层大力推广下，藏传佛教在蒙古各地逐渐普及，替代了原来蒙古人所的萨满教。
蒙古规模皈依佛教令明朝和后来的清朝者感到担心，因为教统一往往可以为的统一和中央。而且蒙古和同一教，这就意味着这两个地方有潜在联合的可能。然而后来的现实情况却证明，大家的想法全都错了。
蒙古人虽然接受了藏传佛教，但他们并不希望受外人的控制。于是他们从蒙古人中挑选了一位教，主动割断了与的联系。另一方面，成为僧人可以不用交税，于是大量蒙古成年男子皈依佛门。结果，蒙古人最擅长的军事战斗能力被荒废，佛教中的和平主义思想还在一定程度上了蒙古人传统的尚武。所以后来清朝对蒙古的治理比历史上任何一个王朝都要更加成功。